建议楼主先把服务器上的文件备份,刻到光盘上。然后再对整个磁盘进行查杀。不要局限或者纠结什么哪家的杀毒软件,说实在话,哪家的杀毒软件都有损坏了用户文件的报道,有的算是惨重。查杀后,发现什么问题再进行修复。坦率的说,病毒的问题实际上是个管理的问题,服务器上有病毒基本上就是管理不善,没有什么别的原因,也只能杀毒。如果楼主有些经验的话,也可以对于备份的光盘查毒,找出是哪些文件有毒,手工杀毒,那或许好些,不过,工作量太大了。
另外,不知道楼主公司的服务器部署复杂吗,看介绍,似乎就是个文件服务器,或者加上Web服务器,不能重新部署一下吗,既然服务器的许多东西重要,那恐怕就要备份查杀,重新部署,那是早晚要做的问题,久而久之,那些重要东西怕是都没有法子用了,算是不是更大?